In der gesamten Grafschaft gibt es zahlreiche Hinweise auf eine frühzeitige Besiedlung, Die ersten Spuren gehen auf das Neolithikum zurück, vor fünftausend Jahren. Die Geschichte und Besetzung von Mértola, im Laufe der Zeit, werden durch seinen Zustand als extremster Schifffahrtspunkt des Guadiana bestimmt, wichtiger Standort für mediterrane Handelsrouten. Fügen Sie dieser Determinante hinzu, seine strategische Positionierung, auf einer Höhe, die vom Guadiana-Fluss und dem Oeiras-Bach umgangen wird, das gab ihm ausgezeichnete natürliche Verteidigungsbedingungen.
Die Romanisierung von Mértola fand im Laufe des Jahrhunderts statt. II a.C., mit der tatsächlichen Besetzung des Territoriums, in der zweiten Hälfte dieses Jahrhunderts stattfinden. In der Spätantike, Myrtilis behielt seine wirtschaftliche Bedeutung und seine kommerzielle Berufung bei. Die ersten christlichen Evangelisierer kommen und in der religiösen Architektur werden in dieser Zeit die ersten christlichen Konstruktionen errichtet, ein Beispiel dafür ist die paläochristliche Basilika Rossio do Carmo.
In den achtziger Jahren enthüllte die intensive archäologische Aktivität die große Vergangenheit des Dorfes im Zeugnis des riesigen Erbes, das bei aufeinanderfolgenden Ausgrabungen in der gesamten Gemeinde entdeckt wurde. Mértola steigt zum Titel Vila Museu und zur Geschichte einer fernen Vergangenheit auf, wird zum Entwicklungsfaktor und Motto für einen erneuten Glauben an die Zukunft.